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产品概述

ATAC测序的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,运用测序手段研究转座酶可靠近的染色质的一种手艺。该手艺通过转座酶对某种特准时空下开放的核染色质区域举行切割 ,进而获得在该特准时空下基因组中活跃转录的调控序列。这项手艺仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息 ,应用于转录因子团结剖析、核小体定位、活性调控元件漫衍等研究 ,在表观遗传机制研究领域有辽阔的应用远景。

测序流程

ATAC-seq主要实验流程首先是制备细胞悬液 ,然后裂解液裂解细胞获得细胞核 ,进一步使用Tn5转座酶酶切并纯化 ,最后接纳DNA片断 ,对接纳片断举行最后修复、3’端加A、毗连测序讨论 ,片断巨细选择以及PCA扩增等办法获得标准的高通量测序文库 ,使用Illumina测序平台举行测序。

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剖析流程

原始测序Reads经已往讨论和过滤低质量 ,获得Clean Reads。将Clean Reads与参考基因组序枚举行比对 ,通过Reads在基因组上的比对位置信息 ,举行Peak calling ,并举行motif展望、转录因子靶基因挖掘、差别Peak和Motif中剖析。

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效果展示

开放染色质区域可视化图

开放染色质区域可视化图


转录起始位点周围的开放染色质区域

转录起始位点周围的开放染色质区域


差别开放染色质区域聚类热图

差别开放染色质区域聚类热图

样本要求

动物组织(包括真菌)、植物组织(包括藻类)、冻存的细胞样品(基本笼罩所有物种)。
a) 细胞:>1×106
b) 动物组织:>50 mg
c) 植物组织:>500 mg

提供更好的效劳


  • 西安本土标准化实验室,真实可靠的效果

  • 测序准确性高,原始数据质量高

  • 权威专家&顶尖生信团队&最合适的剖析工具

  • 项目履历富厚,一对一定制化个性效劳

  • 交互性基因深度挖掘,最新的多组学团结剖析计划

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