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产品概述

宏转录组(Metatranscriptome)测序是指从整体水平上研究某一特定情形,特准时期群体生命所有基因组转录情形以及转录调控纪律的研究手段,它以RNA为研究工具,避开了微生物疏散作育难题的问题,能有用的扩展微生物资源的使用空间 ;袢∥⑸镒樽躌NA并去除rRNA之后,反转录为cDNA,并构建合适长度的插入片断文库,对这些文库举行双端(Paired-end,PE)高通量测序,从而能准确定量整个菌群中具有活性的物种细腻组成及其对应功效的表达水平,进而锁定菌群中的要害生物标记物、剖析其生物学意义。
转录组测序能够从整体水平研究基因表达量以及基因结构,展现特定生物学历程中的分子机理,是基因功效及结构研究的基础。现在已普遍应用于基础研究、临床诊断、药物研发等领域。转录组测序效劳针对差别样本类型,接纳周全剖析mRNA信息的战略,同时获得样本转录本结构和转录品貌信息,还能探讨相关基因结构变异(SNP、CNV、SV、Indel等)。别的我们拥有的大数据剖析平台可以深入挖掘差别基因,剖析致病机制,为您提供最周全、高效的生物信息剖析以及整合使用公共数据库的全套解决计划。

腾博会官网优势

1.价钱优惠、交付周期短:提供综合比价通道,高效高质量的交付效果
2.疑难样本处置惩罚可处置惩罚:抽提效率高,最大化使用珍贵样本
3.严酷的数据质控:严酷的质量控制系统,包管准确性
4.测序平台:通量更高,速率更快,运行时间更短。
5.定制化剖析计划 :定制实验要领,个性化剖析解决计划

手艺原理

1)RNA提。捍忧樾窝局刑崛∽艿腞NA。这些RNA包括mRNA(编码卵白质的RNA)以及种种类型的非编码RNA,这些RNA反应了微生物在特定情形中的基因表达状态。
2)逆转录:提取到的RNA需要经由逆转录反应,将RNA转录成互补DNA,即cDNA。这一办法使用逆转录酶使RNA作为模板合成互补的DNA链,天生与原始RNA相对应的cDNA。
3)文库构建: 将天生的cDNA举行处置惩罚,以建设测序所需的文库。这通常涉及将cDNA断裂成适当的片断,然后在片断的最后毗连适配体序列。适配体序列包括识别标记,使得测序平台可以识别并读取每个片断的序列。
4)高通量测序:构建好的文库被送入高通量测序仪,该仪器能够同时读取成千上万个片断的DNA序列。这些片断对应于情形样本中差别微生物生物体爆发的cDNA片断,这些片断的序列代表了微生物的转录活性。
5)数据剖析:测序数据需要举行生物信息学剖析。首先,将测序获得的片断与已知的基因组或转录组数据库举行比对,以确定每个片断的泉源微生物。接着,通过盘算每个片断的数目,可以预计差别微生物的基因表达水平。进一步的功效注释和通路剖析可以展现微生物在情形中的功效和代谢活性。

手艺蹊径

腾博会官网CRO

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应用偏向

1.情形微生物生态学: 宏转录组测序可用于研究土壤、水体、空气等差别情形中微生物的转录活性。这有助于相识微生物在差别生态系统中的功效、相互作用以及对情形转变的响应。
2.生态互作研究: 通太过析微生物的转录活性,可以展现微生物之间的相互作用、共生关系以及生态系统中的营养循环和能量流动。
3.疾病与宿主微生物组关系: 宏转录组测序可用于研究宿主与其共生微生物的相互作用。这有助于相识微生物在康健和疾病状态下的转录转变,以及它们对宿主免疫系统的影响。
4.生物工业: 在微生物发酵和产品合成历程中,宏转录组测序可用于监测微生物的基因表达情形,优化生产历程并提高产品产量。
5.污水处置惩罚和情形监测: 宏转录组测序可以资助监测污水处置惩罚系统中微生物的功效和代谢活性,以提高处置惩罚效率。别的,它也可用于情形监测,资助识别情形中的微生物种类和其代谢特征。
6.新药开发: 通太过析微生物在差别条件下的基因表达,可以寻找潜在的药物靶点或合成新的生物活性分子。
7.生态学研究: 宏转录组测序可用于研究特定生态系统中的微生物群体,以展现其对情形转变的顺应性和响应机制。
8.食物清静与质量控制: 宏转录组测序可以用于食物微生物的研究,有助于相识食物中微生物的代谢活性和潜在致病性。
9.生物多样性研究: 通太过析差别情形中的微生物转录活性,可以展现微生物多样性的漫衍、转变以及生态系统中的生物地理学模式。

效果展示

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样品要求

样本类型:完整且无污染的总RNA样本,需求量单次200 ng ;细胞样本>1×107个 ;血液样本2~3 mL。
数据量:6/10 G clean data

应用案例

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期刊:Nature Communications
IF:12.1
揭晓时间:2019

主要内容

糖尿病是一个全球性的康健问题,主要由胰腺β细胞无法渗透足够水平的胰岛素引起的。在2型糖尿病中,β细胞功效异常是导致正凡人群泛起糖调理异常并生长为2型糖尿病的最要害因素。然而,β细胞对葡萄糖的反应逐渐失败的分子机制仍未获得解决。作者使用转录组学及卵白质组学等要领,发明糖尿病βV59M小鼠胰岛的主要代谢途径显著失调,这是一种非肥胖的糖尿病模子。加入糖酵解/糖异生的多个基因/卵白质被上调,而加入氧化磷酸化的基因/卵白质被下调。在疏散出的胰岛细胞中,葡萄糖诱导的NADH和ATP增添受损,氧化和糖酵解葡萄糖代谢均镌汰。在高葡萄糖下恒久作育的INS-1 β细胞显示出类似的卵白质表达转变和葡萄糖刺激的耗氧量镌汰,显示代谢受损。这些数据批注高血糖会诱导β细胞代谢转变,从而显著降低线粒体代谢和ATP合成。

图1. 糖尿病调控的转录组代谢通路剖析

图1. 糖尿病调控的转录组代谢通路剖析


图2. 胰岛细胞线粒体特征的转录组+卵白组团结剖析

图2. 胰岛细胞线粒体特征的转录组+卵白组团结剖析

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