基于短读长测序平台的转录组由于读长的限制(PE100/PE150),在转录本组装的历程中保存较多的嵌合体,并且不可准确的获得完整转录本的信息,从而对后面的表达量剖析、可变剪接、基因融合中剖析造成了较大的影响;赑acBio的单分子实时测序手艺,现在平均读长可抵达80Kb,其长度已经凌驾一样平常转录组中典范的基因的长度,以是使用长读长测序平台举行转录组的研究,可以直接获得全长转录本信息,而无需组装,从而更大限度的包管了转录组测序效果的准确性。
全长转录组基于PacBio的单分子实时测序手艺,可以直接获得全长转录本信息,无需组装,更大限度的包管了转录组测序效果的准确性,增补已注释基因组的基因注释效果,发明新的基因和转录本,判断可变剪接、基因融合征象、APA位点(Alternative polyadenylation,选择性多聚腺苷化位点)等,并改善基因表达定量。
关于无参考序列的物种,全长转录组测序可以构建高质量的基因集,为后续物种的功效研究涤讪基础。
关于有参考序列的物种,可发明新的转录本,完善参考基因集;并判断可变剪接、基因融合等结构变异。
别的在基因组研究中,全长转录组还可以用于辅助基因组基因注释
1.战略多样,可凭证需求增建5-10K大片断文库,知足客户对长转录本的研究需求。
2.通量大,测序本钱低,周期短。
3.信息剖析内容周全,实时跟进科学研究前沿,一直升级信息剖析内容。
4.个性化剖析,具有富厚个性化剖析履历,可凭证项目需要选择更相宜的剖析软件,只为包管更精准效果。
Full-length transcriptome sequences and splice variants obtained by a combination of sequencing platforms. (Plant Journal,2015)
1.接纳HiSeq2500 数据对PacBio RSII平台所爆发的subreads举行了校正,最后获得了16,241个高质量非冗余isoforms。
2.基于HiSeq2500爆发的mRNA数据的差别表达剖析,发明了在根部周皮部特异表达与者高表达丹参酮合成相关基因,SmCPS1、SmKSL1、GGPS、IPI、CYP等;
3.最后研究者使用获得的16,241个高质量的Isoforms举行了可变剪接剖析,发明了约莫有40%检测基因位点爆发了可变剪接征象,其中有些基因加入了萜类化合物代谢及类异戊二烯代谢。